Канальные фанкойлы применяют при обустройстве больших объектов – торгово-развлекательных центров, офисов крупных компаний. Фанкойлы такого типа включают в вентиляционную схему, монтируя за подвесными потолками или подобными конструкциями.
В канальных фанкойлах серии CarryFlow от бренда Electrolux используется безвредный хладагент – вода. Канальные системы подают в помещение либо свежий воздух с улицы, либо очищают тот, который уже циркулирует в системе.